Ateistisk Selskab skal aktivt arbejde for sekulær udvikling af EU og samarbejde med de sekulære, med fredelige, demokratiske midler som oplysning og uddannelse, modarbejde Vatikanstatens og de islamiske eller andre teokratiske staters indblanding i EUs politiske udvikling. 

Disse religiøse organisationer og lobbys skal ved oplysningskampagner, undervisning, lobbyarbejde overfor MF'er og EU parlamentariekere søges henvist til privatsfæren og kultur- og kunst-aktiviteter og væk fra de strategiske politiske beslutningsorganer og skal om nødvendig udfordres ved sekulære retssager mod blanding af religion med politik. 

Ateistisk Selskab følger blandt andet retssager i USA mod den religiøse lobbys forsøg på at blande religion i den civile jura, i biologiundervisning i skolerne ved den såkaldte "intelligent design" som overtroisk alternativ til Darwins og andre evolutionsbiologers forskningsresultater."